西暦2025年―― 突如出現した未知の脅威「機巧」は人類への攻撃を展開し、多くの都市がなすすべもなく破壊された。 窮地に立たされた人類だったが、日本で機巧の残骸が発見されたことをきっかけに設立された 「東京機巧研究所」（東機研）を拠点に、機巧の兵器利用の研究が進められていく。 毒をもって毒を制すべく、機巧をもって機巧に対抗せんとするその方策は、人類に残された唯一の希望だった。 そして9年後。 発見された残骸を手がかりに開発された主力機巧「むっつ」の実戦投入が近づいていた。 「むっつ」搭乗パイロットの候補生として選ばれた 少年・佐神凛（さがみ・りん）と少女・御堂結絃（みどう・ゆづる）は、 人類の未来という大きすぎる希望を背負いながら、課せられた任務に果敢に立ち向かっていく。 だが、ふたりを待ち受けていたのは、あまりにも過酷な運命だった――