消失8年、如今突然重出江湖的神秘怪盗——怪盗基德，引起了喜爱魔术表演的高中生黑羽快斗的注意，因为他父亲、世界知名魔术师黑羽盗一也是8年前去世的。快斗在偶然间进入到父亲的密室，其中存放着怪盗基德的装备和服装。快斗穿上基德的服装，并与父亲多年前的助手，如今正在假扮怪盗基德的寺井黄之助相遇，才得知父亲就是怪盗基德，以及父亲当年是被人暗杀身亡。快斗决定继承父亲的衣钵，成为第二代怪盗基德，以此引出杀父元凶，调查父亲的死因。

在一次行动中，黑羽快斗偶然和一支称他为“黑羽盗一”的神秘组织相遇，得知神秘组织在图谋可获长生不老的“命运之石潘多拉”，而将妨碍到他们的黑羽盗一杀死。快斗因此开始了与神秘组织的交锋，为的是比组织更早一步找到“潘多拉”，粉碎他们的阴谋。[2] 

注：配音演员均只标注《魔术快斗》正式动画中的配音，人物的其他配音详见相关词条。