《少女愛上姐姐2~二人的ELDER~》故事的時間是發生在前作的三年後，也就是周防院奏跟上岡由佳裏畢業的隔年，主人公妃宮千早雖然是個男生，不過卻有著比女生更漂亮的外貌及壹頭銀發，因為在學校因為自己的《美貌》而遭受到同學的排擠及歧視。久而久之，自身便開始討厭起男生這種生物，也失去了笑容，甚至拒絕上學。後來在媽媽超給力的幫助之下，被迫轉學到聖應女學院就讀。

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