2050年代初頭、突如出現した未知の生命体「オラクル細胞」は、 地球上のあらゆる対象を「捕喰」し始めた。 全てを喰らい、凶暴な生命体として多様に分化を遂げるその存在を、 いつしか人は、畏怖を持って「アラガミ」と呼んだ。 既存の兵器はアラガミの前に一切効果が無く、 都市文明は崩壊し、人類は徐々に生息圏を奪われていった。 そんな人類に一筋の光明がさす。 オラクル細胞を埋め込んだ生体兵器「神機」が開発され、 それを操る特殊部隊、通称「ゴッドイーター」が編成された。 荒ぶる神々に虐げられた世界で、「神を喰らうモノ」の明日なき戦いの幕があがる―。