劇情簡介

決鬥者王國篇
 
一卷神秘的錄影帶，千年神器中千年眼的擁有者，貝卡斯·J·克羅佛多在錄影帶中使用黑暗決鬥向武藤遊戲挑戰，但武藤遊戲卻為時間終止而敗北，武藤雙六的靈魂也因此被千年眼的力量封印在靈魂封印卡中，武藤遊戲為了救回靈魂被囚禁的爺爺，前往決鬥者王國找貝卡斯決鬥，與互信的夥伴們以及心中的另一個自己並肩作戰，另外 海馬也向貝卡斯提出挑戰 但是海馬的力量打不過擁有千年眼的貝卡斯 因此也被貝卡斯的千年眼的力量封印在靈魂卡中
 
 戰鬥城市前篇
 
決鬥者王國一戰結束，武藤遊戲的知名度瞬間上升，神秘的埃及石板來到日本展覽，牽扯出千年神器的秘密、三千年前的戰鬥、三張神之卡，還有隱藏在千年積木中的無名法老王的記憶，海馬在一個機緣下得到了神之卡的其中一張、歐貝利斯克的巨神兵，而海馬為了得到剩餘的二張神之卡，在童實野市舉辦了戰鬥城市大賽，並且以賭牌當作規則，同時新的次世代決鬥盤也跟着亮相，而武藤遊戲為了尋找心中的另一個自己的記憶，也就是無名法老王的記憶，必須蒐集三張神之卡，也參加了這場大賽，各路好手為了蒐集六張拼圖卡，得到最後的參賽權，紛紛展開決鬥；神祕的古魯斯集團派出的蕾雅卡獵人也參雜其中，這有會牽扯出有關於千年神器、守墓者一族、無名的法老王的什麼秘密呢?
 
 乃亞篇（動畫原創）
 
戰鬥飛行船行駛人工島的途中，飛行船系統卻遭受到外來的入侵改寫了系統，因而改變了航線，阻擋在武藤遊戲等人面前的這個巨大機動要塞究竟是什麼？而又出現了神秘的人 自稱是五巨頭 他們還要武藤遊戲等人的身體 一場賭上各人性命的決鬥 究竟鹿死誰手呢?？？海馬的家族家庭中究竟又隱藏着什麼樣的過去。
 
 戰鬥城市後篇
 
戰鬥城市最終決戰開始，每個決鬥者都各自有戰鬥的理由，城之內為了成為真正的決鬥者、救出被馬利克進行黑暗遊戲懲罰的孔雀舞，海馬為了與宿敵遊戲決鬥、為了剷除可惡的古魯斯首腦並得到太陽神、為了完成海馬樂園的夢想，遊戲為了實現與城之內的諾言、與海馬宿命的對決、救出被闇馬利克施予黑暗遊戲懲罰的人們、更為了自己遺失的記憶，最終誰能夠贏得勝利，得到三張神之卡，成為戰鬥城市的冠軍，得到決鬥王的稱號。
 
 杜馬篇（動畫原創）
 
戰鬥城市結束後，當武藤遊戲高舉三張神之卡在記憶石板面前時，卻遭受到了不知名力量的阻擋，而三張神之卡也被名為杜馬三槍手的人搶走（三位名為：拉費爾、瓦龍、亞曼爾達），這個神祕的杜馬組織搶走神之卡的目的究竟是什麼，神秘的卡片，奧雷卡爾克斯的結界擁有的黑暗能量，又會帶給使用這張卡片的人什麼樣的改變，黑魔導女孩從精靈的世界降臨，向武藤遊戲請求援助，人類世界與精靈世界的命運會如何，無名的傳說之龍又會怎麼樣的幫助遊戲等人；在一次的決鬥中，闇遊戲為了求勝、背負與黑魔導女孩的約定，迷失了自我，被杜馬的黑暗力量所迷惑，也為此讓武藤遊戲的靈魂被杜馬奪走，闇遊戲該如何找回自我，救回夥伴的靈魂，關係著人類世界與精靈世界的命運，遊戲等人該如何突破難關，化解危機。
 
 海馬集團大賽篇（動畫原創）
 
杜馬事件結束後，武藤遊戲等人回日本前，受到了海馬集團的邀請，參加了海馬樂園開幕的海馬集團大賽，而這之中也牽扯到海馬娛樂集團與朱雷達集團在遊戲開發上的競爭。
 
 王之記憶篇
 
為了尋找寄宿在千年積木中無名法老王靈魂的真實姓名與記憶，武藤遊戲與朋友們踏上了埃及之旅，在記憶石板的背後，解開了無名法老王的過去記憶，獏良也趁此時蠢蠢欲動，利用了千年輪的黑暗力量，在千年積木內進行了一場黑暗RPG，這場黑暗RPG遊戲中，直接以無名法老王的記憶當作背景，闇遊戲必須從這場黑暗遊戲中找回自己的真實姓名、得知自己的過去，並且打敗大邪神佐克，再一次封印，否則大邪神佐克也會在現實世界中復活，而最後，又有什麼樣的試煉等著武藤遊戲。
 
 光之金字塔
 
在埃及的沙地下，有一個古老邪惡的力量被喚醒了。他就是在幾世紀前被「遊戲」的變身打敗的「導引亡靈之神」——暴君阿納畢斯，這次他捲土重來並且擁有了更加強大的戰鬥力，在妄圖殺死「遊戲」以雪前仇之外，他還要實現自己統治世界的野心。海馬跟貝卡斯玩一場賭牌遊戲海馬贏了，海馬從貝卡斯那裡拿走了兩張卡，一張是青眼光龍，另一張是有邪惡力量的光之金字塔，在遊戲奄奄一息的時候，海馬快要打敗遊戲的時候，阿納畢斯出現了，他能夠戰勝這個空前強大的敵人嗎？

PS:每星期更新6集，如反應好會發齊224集+劇場版，暫時決定每星期會發3部動畫