在前作中，雷門十一人成功達成了找回真正的足球的"革命"。在神圣之路大賽后，主角松風天馬為了教孩子們足球而來到了沖繩。當活動結束后，回到雷門的天馬在那目擊到不得了的異變...！在神圣之路得到優勝，應該是回到了和平的生活中，忽然出現了被稱為最終協議〈プロトコルオメガ〉的足球隊。從兩百年后的未來出現的他們，其目的就是要把足球運動從這個世界上抹消掉。當天馬被壓倒性的力量打得落花流水的時候，出現了一位謎之少年"菲(フェイ)"伸出了援手。天馬他們為了要阻止足球消失，展開了穿越時空的冒險旅程。"穿梭過去與未來的冒險劇"正式開始！
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