本作故事背景是在一個遙遠的未來，在荒廢的大地上，人類居住在一個巨大移動要塞都市「Plantation」。這些孩子們居住設施的名字叫做「米斯特汀」，通稱鳥籠，他們並不知道外面的世界，也不知道何謂自由，只要被教導著如何駕駛著機器人和「叫竜」這個謎之生物戰鬥。曾經被喻為神童的男主角「016」，和他的朋友們背負著相同的命運，即使在這個封閉的世界，即使所有的一切都被管理著，他們仍然艱苦地生存下來，並且仍舊懷抱著夢想—期許著有一天能夠飛翔到天空。直到有一天，他遇到了一名長著角的謎之少女......