将以2015年的东京都立川市为舞台。作品讲述由评议会派遣的外星人，和拥有潜在能力的地球人组成了科学忍者队，身穿特制的作战服装，执行从异星人犯罪者手中保卫地球的任务。然而近年来连评议会也搞不明白的谜之存在MESS开始出现，科学忍者队的主要任务对象也变成了MESS。

主人公是在立川市内上学的16岁女生一之濑初，一位喜欢文具、十分有力量的角色。其他还有负责教育初的武者男孩橘清音、在市役所工作的枇枇木丈等角色登场。
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