过去突然出现的身份不明的敌人"Unknown"。"超进化铁道开发机构"，通称"ERDA"为了应付这个威胁，开发出可变形成新干线的机器人"新干线变形机器人 进化利恩"作为对抗手段。

"成为一个能够守护某样事物的、帅气的人⋯⋯我要⋯⋯"

中学二年级生大成大成为了寻找两年前失踪的姐姐的线索而转学至进开学园中等部。就在此时，Unknown睽违十年再度出现。大成偶然间被发现具有足够成为新干线变形机器人 进化利恩驾驶员的高适性值，并被迫做出战斗的决定。

Unknown的真实身份及目的究竟是什么⋯⋯。而在战斗最终揭晓的真相又是⋯⋯。

少年们的决心和成长的故事，现在开始——。