「泥棒、殺人、あらゆる犯罪は三日逃げ切れば全て免罪」―それが惑星ゾラの不文律「三日の掟」だった。ロックマン（ブルーストーン採掘業者）、ブレーカー、運び屋、交易商人といった「シビリアン」達は、この掟を守って生きていた。

しかし、たった一人、この掟に抗った少年がいた。著名なロックマン「鉄の腕」の一人息子ジロン・アモスである。両親を殺したブレーカーのティンプ・シャローンを親の仇とし、掟の三日を過ぎても、なお追いかけ続けた。

ジロンと関わった者は知らぬうちに「三日で晴らせなかった因縁は全て忘れなくてはならない」という三日の掟を超えた意思を示し、彼の生き様は周囲を巻き込みやがてゾラの支配階級「イノセント」との全面戦争に発展する。